2024年特別展
| タイトル | 会期 | 詳細 | |
| 春期特別展 | ポケモン化石博物館 | 令和6年3月20日〜6月23日 |  |
過去の特別展
| 年 | タイトル | 会期 | 備考 |
| 2014 | モンゴルゴビ砂漠の恐竜たち | 2014年6月28日〜9月15日 | |
| 2015 | 羽毛恐竜の世界〜羽毛をもった恐竜と鳥類への進化〜 | 2015年7月18日〜9月6日 | |
| 2016 | 熊本地震のため中止 | ||
| 2017 | 新発見 恐竜時代の支配者：進化するモンタナの恐竜たち | 2017年7月15日〜11月26日 | |
| 2018 | ティラノサウルス〜進化の謎に迫る〜 | 2018年7月14日〜9月24日 | |
| 2019 | 肉食恐竜〜ミフネリュウ発見から40年〜 | 2019年7月13日〜9月23日 | |
| 2020 | 国立科学博物館・コラボミュージアムinみふね 生命のれきしー君につながるものがたりー | 2020年6月2日〜7月26日 | 新型コロナウイルス感染症により会期を変更して開催。 |
| 2021 | 新型コロナウイルス感染症の流行のため中止 | ||
| 2022 | 新型コロナウイルス感染症の流行のため中止 | ||
| 2023 | 恐竜ロボットファクトリー | 2023年7月15日〜9月24日 | |