常設展示室の各ゾーンは「導入­‑太古の世界の探究」・「白亜紀の御船」・「脊椎動物の進化」・「恐竜たちの世界」・「生命と地球」というタイトルで構成されています。できるだけ美しく、そしてダイナミックに、資料が持っている迫力やストーリーを感じることができる展示となっています。
また、「オープンラボ」と称しているバックヤードを順路に取り入れ、いつでも見学できるようにしています。化石クリーニング等の作業室だけでなく、研究室や収蔵庫まで諸室の様子をすべて公開しています。博物館の職員の仕事をいつでも見学することができ、博物館の活動をリアルタイムに体感することができます。