ドン、ダダダダダー、ユッサユッサユッサ････、何の前ぶれもなく強烈な揺れが襲った。2016年4月14日午後9時26分ごろ、熊本地方を震源とするマグニチュード6.5の地震が発生。御船町は震度5強、隣接する益城町では、震度7を記録した。
地震発生当時、分析室に残って仕事をしていた林学芸員は、近くにあった顕微鏡を必死に押さえ、強い揺れが収まるのを待った。地震直後の1時間は電話がほとんどつながらない状態。地鳴りと余震が続く中、直ちに館内を点検した。阪神大震災では、地震後の火災によって被害が拡大したことが頭をよぎった。翌朝から休館し、被害状況の把握に追われた。まず、図面に損傷箇所を記録し、写真を撮影した。電気・機械設備に異常がないか確認した。さらに強い余震が予想されたため、標本や機材を安全な場所に移動させた。余震も続いており、夜間待機が決まった。